Over het natuurlijke verloop van de aandoening is weinig bekend. Op grond van gegevens van minder dan 200 individuen kan worden geconcludeerd dat deze aandoening vooral hinder oplevert op de gebieden van cognitief en psychosociaal functioneren. Dit kan variëren van achterstanden op het gebied van spraak, motoriek en leren tot ADHD. Meestal is deze hinder minder uitgesproken dan bij personen met NF1.

Levensverwachting

Er zijn nog geen gegevens beschikbaar die erop wijzen dat mensen met Legius syndroom een kortere levensverwachting zouden hebben dan andere mensen.