Het gen dat verantwoordelijk is voor het ontstaan van Schwannomatose heet SMARCB1 en bevindt zich op chromosoom 22, dicht bij het NF2 gen. Het eiwitproduct ervan heeft een tumor remmende functie. Er is nog geen genetisch bloedonderzoek mogelijk voor het aantonen van deze mutatie. Uit tumormateriaal van ten minsten twee tumoren is het wel mogelijk om de genetische diagnose te stellen.
In de meeste gevallen van Schwannomatose gaat het om spontane mutaties. Twee studies rapporteerden gevallen van erfelijke Schwannomatose, met een kans van 1 op 2 (autosomaal dominante overerving) . Net als bij NF1 en NF2 kan onderscheid worden gemaakt tussen gegeneraliseerde en segmentale (of mozaïek) vormen van Schwannomatose. Bij de laatste komen schwannomen vaak in één ledemaat voor of in naburige ruggenmergsegmenten. Er is nog geen genetische test of prenatale diagnose mogelijk voor deze aandoening.